Madrasah Tsanawiyah Negeri (MTsN) 2 Aceh Selatan Merupakan salah satu dari 4 Madrasah Tsanawiyah Negeri yang ada di Aceh Selatan, madrasah ini mulanya hadir atas keinginan dan kesadaran seluruh masyarakat daerah Kluet Selatan dan juga didukung oleh masyarakat Kluet Utara untuk didirikannya sebuah lembaga Pendidikan Agama Tingkat Menengah Atas yang berhasil sepakat didirikan di daerah pusat perekonomian masyarakat saat itu yang  berada di Kec. Kluet Selatan tepatnya di Desa Suaq Bakong.

Pada tahun 1960 awal didirikan lembaga ini dikenal dengan nama Madrasah Tsanawiyah Swasta (MTsS) Suak Bakong dan setelah beberapa tahun berjalan,  mengingat akan kemajuan ilmu pengetahuan yang terus berkembang serta letak madrasah ini juga dilihat sangat strategis dijadikan sebagai pusat pendidikan masyarakat Kluet saat itu, maka beberapa tokoh masayarakat dengan antusiasme melakukan pengurusan ke Lembaga terkait untuk penegerian madrasah ini.

Tepatnya pada tanggal 1 Agustus 1968 berdasarkan Keputusan Menteri Agama Nomor 162 Tahun 1968 MTsS Suaq Bakong berubah nama menjadi MTsN Suaq Bakong. Kemudian berdasarkan keputusan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 670 Tahun 2016 Tanggal 17 November 2016 Tentang perubahan Nama Madrasah Aliyah Negeri, Madrasah Tsanawiyah Negeri dan Madrasah Ibstidaiyah Negeri di Provinsi Aceh maka berubahlah nama MTsN Suaq Bakong menjadi MTsN 2 Aceh Selatan.